De leerlingen volgen onderwijs op De Berkenschutse vanwege min of meer ernstige onderwijsproblematiek mede ten gevolge van epilepsie en/of somatische/neurologische of neurobiologische ontwikkelingsstoornissen (zoals een Autisme Spectrum Stoornis). Het onderwijs wordt uitgevoerd binnen de verschillende afdelingen en de leerroutes van De Berkenschutse. Een afdeling bestaat uit meerdere groepen. De groepssamenstelling wordt gebaseerd op basis van het integratief beeld, leeftijd, kenmerken en didactisch en sociaal emotioneel niveau van leerlingen. Hierbij wordt gebruik gemaakt van het landelijke doelgroepenmodel. Er worden binnen het brede onderwijsaanbod zeven leerroutes (doelgroepenmodel) onderscheiden, gebaseerd op het perspectief bij het verlaten van de school. Binnen één afdeling wordt onderwijs gegeven in één of meerdere leerroutes.
De Berkenschutse schept een sfeervol en veilig klimaat waarbinnen kinderen zich durven ontwikkelen. Planmatig orthopedagogisch en orthodidactisch handelen en het bewust hanteren van onderwijsmiddelen staan daarbij centraal. De school staat open voor leerlingen van vier tot twintig jaar oud. Ook kinderen die verblijven op Kempenhaeghe (expertisecentrum voor epileptologie, slaapgeneeskunde en neurocognitie) bezoeken de school. Tevens kunnen leerlingen, dankzij de inzet van de Dienst Ambulante onderwijskundige Begeleiding, in het reguliere onderwijs geholpen worden.